В соответствии с Порядком проведения олимпиад школьников, каждая олимпиада включает в себя два этапа: отборочный и заключительный.

Отборочный этап Московской олимпиады по физике состоит из нескольких независимых друг от друга туров, каждый из которых может проводиться в очной (в Москве и в регионах) или заочной форме. Победителями отборочного этапа считаются участники очного отборочного тура, набравшие максимально возможное количество баллов. Призерами отборочного этапа считаются участники хотя бы одного из отборочных туров, набравшие на этом туре установленный оргкомитетом олимпиады проходной балл.

К заключительному этапу олимпиады допускаются победители и призеры отборочного этапа олимпиады, а также прошлогодние победители и призеры заключительного этапа, продолжающие обучение в образовательных организациях.

Заключительный этап Московской олимпиады по физике проходит в два тура. Итоги заключительного этапа подводятся следующим образом:

• учащиеся 7-х классов принимают участие только в первом туре, по его результатам распределяются призовые места;
• учащиеся 8-10-х классов сначала принимают участие в первом туре; затем лучшие участники первого тура приглашаются на второй тур, по результатам которого распределяются призовые места;
• учащиеся 11-х классов приглашаются и на первый, и на второй тур; итоги подводятся по сумме двух туров.

Все мероприятия заключительного этапа олимпиады, кроме второго тура 11-го класса, проводятся как в Москве, так и в регионах. Второй тур 11-го класса, влияющий на льготы при поступлении в вузы, организован только в Москве.