• Республика Башкортостан (Уфа)
• Республика Калмыкия (Элиста)
• Республика Карелия (Петрозаводск)
• Республика Коми (Сыктывкар)
• Республика Марий Эл (поселки Руэм и Медведево)
• Республика Мордовия (Саранск)
• Республика Саха (Якутия) (Якутск)
• Республика Татарстан (Казань, Нижнекамск)
• Удмуртская Республика (Ижевск)
• Чувашская Республика (Новочебоксарск)
• Ставропольский край (Ставрополь, Кисловодск)
• Архангельская область (Архангельск)
• Астраханская область (Астрахань)
• Белгородская область (Белгород)
• Брянская область (Брянск)
• Владимирская область (Владимир)
• Волгоградская область (Волгоград)
• Вологодская область (Вологда)
• Воронежская область (Воронеж)
• Ивановская область (Фурманов)
• Иркутская область (Иркутск)
• Калининградская область (Калининград)
• Калужская область (Обнинск)
• Камчатский край (Петропавловск-Камчатский)
• Курская область (Курск)
• Липецкая область (Липецк)
• Московская область (Фрязино)
• Нижегородская область (Саров)
• Новгородская область (Великий Новгород)
• Оренбургская область (Оренбург)
• Орловская область (Орел)
• Пензенская область (Пенза)
• Пермский край (Пермь)
• Ростовская область (Таганрог, Волгодонск)
• Рязанская область (Рязань)
• Саратовская область (Саратов)
• Свердловская область (Екатеринбург)
• Смоленская область (Смоленск)
• Тверская область (Тверь)
• Тульская область (Тула)
• Челябинская область (Челябинск)
• Ярославская область (Ярославль)
• г. Санкт-Петербург
• Ханты-Мансийский автономный округ - Югра (Сургут)

Помимо регионов, проводивших олимпиаду, среди участников финала были представлены следующие территории:

• Республика Адыгея (есть призер)
• Республика Дагестан
• Краснодарский край
• Псковская область
• Самарская область
• Тамбовская область (есть призер)

Также были регионы, представители которых ограничились участием только в отборочном этапе, но не принимали участие в финале:

• Республика Бурятия
• Республика Ингушетия
• Республика Северная Осетия-Алания
• Республика Хакасия
• Алтайский край
• Красноярский край
• Хабаровский край
• Кемеровская область
• Кировская область
• Костромская область
• Ленинградская область
• Мурманская область
• Новосибирская область
• Омская область
• Сахалинская область
• Томская область
• Тюменская область
• Ульяновская область
• Забайкальский край
• Еврейская автономная область

Участием в отборе ограничились участники из Казахстана (сразу несколько областей), Украины (Киев и Харьков), Киргизии (Бишкек).

К сожалению, некоторые регионы так и не были представлены на Московской олимпиаде по физике 2012-13 года:

• Республика Алтай
• Кабардино-Балкарская Республика
• Республика Карачаево-Черкесия
• Республика Тыва
• Приморский край
• Амурская область
• Курганская область
• Магаданская область
• Ненецкий автономный округ
• Чукотский автономный округ
• Ямало-Ненецкий автономный округ
• Чеченская Республика